Jawa Tengah merupakan salah satu daerah yang memiliki korban kejahatan kemanusiaan 1965-66 yang tinggi. Menurut kesaksian beberapa penyintas di Ambarawa dan Pati, para korban merupakan seniman anggota Lembaga Kebudayaan Rakyat (Lekra), kelompok pelajar, etnis Tionghoa yang tergabung dalam Baperki, anggota Barisan Tani Indonesia (BTI), dan kelompok lain yang dianggap terafiliasi dengan Partai Komunis Indonesia. Mereka menjadi target penangkapan, penyiksaan, pembunuhan dan pemenjaraan. Sebagian yang dipenjara dibuang ke Pulau Nusa Kambangan dan Pulau Buru.